Vlasti su, naravno, izvršile detaljnu istragu. Posebno povjerenstvo je pregledavala brod i otkrila nekoliko zbunjujućih stvari. Na trupu ‘Mary Celest’ otkriveni su tragovi koji su govorili da se brod morao sudariti s nečim nepoznatim. Bile su to ogrebotine nekim oštrim predmetom ili nečega što je potonulo. Tragovi su bili sa svake strane na visini od pedeset centimetara od linije porinuća. Da li je to bio trag nekog broda koji se preopasno približio ‘Mary Celest? To je bilo vrlo čudno. Prvo – odakle udarac s obje strane broda? Drugo – taj tajanstveni brod morao bi biti nešto nalik podmornici (1872. godine !!!), pa da poslije otmice posade nestane tako brzo ‘Dei gratia’ ništa ne primijeti. Osim toga, na desnoj strani broda otkrivena je duboka brazgotina, čije porijeklo nije utvrđeno i koja nije načinjena nekim tada poznatim oruđem ili instrumentom.
Pošto sudske vlasti nisu bile u stanju nađu neko prihvatljivo rješenje cijelog slučaja, okrivile su … kapetana broda ‘Dei gratia’ – Murhauza i njegovu posadu! Optužili su ih da su poubijali cijelu posadu ‘Mary Celest’, a motiv ubojstva je bio vrlo konkretan: nagrada za pronalaženje napuštenog broda i dragocjenog tereta. A trebalo je da ta nagrada biti vrlo visoka.
Istraga je poslije izvjesnog vremena prekinuta. Posada s ‘Dei gratia’ nije mogla četrnaest godina zbaciti sa sebe sumnju. Tek 1886. godine objavljeni su rezultati laboratorijskih nalaza koji su govorili da nisu nađeni nikakvi tragovi zločina.
Nestanak posade ‘Mary Celest’ nikada nije rasvijetljen, a cijeli slučaj sa ovim brodom podrobno je opisan u svim kronikama svjetske plovidbe, a predstavlja jednu od karika u lancu tajanstvenih događaja koje nitko nikada nije objasnio.