O nagađanjima i teorijama postojanja rukopisa mnogi su dali svoje ideje. Ipak ni jedna od njih nije potvrđena i još uvijek nemožemo odrediti niti spoznati što se stvarno krije iza nerazumljivih redaka i čudnih ilustracija.
Najveći broj teorija govori da je knjiga zapravo neka vrsta srednjovjekovne medicinsko-farmaceutske enciklopedije. Ipak brojne ilustracije nepostojećih biljaka predstavljaju sumnju. Nadalje neke astronomske ilustracije gotovo bez sumnje prikazuju galaksiju i planete. Ono što zbunjuje je činjenica da se takve ilustracije nisu mogle prikazati bez upotrebe teleskopa koji je pronađen tek 1608. Neke druge ilustracije prikazuju ljudske stanice s pripadajućim elementima, ali mikroskop koji bi mogao prikazati takve detalje još nije bio pronađen za vrijeme pisanja Vojnićevog rukopisa.
Uzevši sve elemente rukopisa možemo zaključiti da je on ostao misterija u potpunosti. Čak ni bogate ilustracije ne odaju dovoljno dokaza kako bi došli do zaključka. U pokušajima dešifriranja teksta okušali su se mnogi bezuspješno već stotinama godina – još uvijek se čeka na onoga koji će uspjeti u tome.
Koje tajne leže u Vojnićevom rukopisu? Koliko će još stoljeća proći prije nego otkrijemo ovaj misterij? Za razliku od ostalih fenomena, paranormalnog i neobjašnjivog – ova misterija je pred nama i svima dostupna unatoč tome predstavlja prevelik napor za ljudski um koji ima tendenciju objasniti i obrazložiti neobjašnjivo. Ukoliko želite možete se i sami okušati u ovoj misiji, kompletno skenirane stranice Vojnićevog rukopisa u visokoj rezoluciji naći ćete ovdje – Yale University: Voynich manuscript.
Do onda ovaj misteriozni rukopis ostat će podsjetnik na to da bez obzira na sav naš ljudski napredak, tehnologiju i znanost – neke misterije ostaće modernom čovjeku izvan dohvata i shvaćanja. Možda smo jednostavno toliko zaslijepljeni svim našim dostignućima da više ni nismo sposobni razumjeti drevnu nauku i njene mudrosti.