Lociranje rukopisa kroz povijest je težak zadatak, ponajviše zbog vremenskih rupa u kojima neznamo tko je bio njegov vlasnik. Prema načinu crtanja ilustracija, prije svega ilustracija ljudi i dvoraca, sa sigurnošću možemo tvrditi da je rukopis nastao negdje u srednjovjekovnoj Europi.
Prvi potvrđeni vlasnik rukopisa s početka 17. stoljeća bio je tajanstveni alkemičar George Bareš. Prema pisanim podacima znamo kako je i sam Bareš bio zbunjen oko sadržaja rukopisa. Saznavši za znamenitog kriptologa Atanasijusa Kircheru (slika lijevo), poslao mu je kopiju rukopisa.
Atanasijusa Kircheru bio je jezuitski znanstvenik iz Collegio Romano sveučilišta u Rimu). Iza sebe je imao već velike uspjehe u dešifriranju i kriptologiji – uspješno je preveo Coptic jezik – etiopsko pismo i egipatske hieroglife.Pismo koje je Bareš uputio Kircheru 1639. prvi je sačuvani dokument u kojem se spominje misteriozni rukopis.
Kircheru se jako zainteresirao za tajanstveni rukopis i od Bareša je zatražio original. Ipak ovaj mu ga nije htio dati i tek nakon smrti, rektor praškog sveučilišta Johannes Marcus šalje rukopis Kircheru u Rim, 1666. godine. Ovo je ujedno i zadnji put da se rukopis spominje u idućih 200 godina.
Tek 1870. nakon što trupe Victora Emmanuela II aneksiraju papinske države u Italiju, možemo nastaviti proučavati povijest Vojnićevog rukopisa. Nakon propasti papinske države jezuiti brzo i potajno prebacuju knjige iz Collegiate Romana u privatne biblioteke – kako bi ih spasili od konfiskacije. Pod okriljem noći knjige su prebacivane u Villu Mondragone – veliku seosku palaču izvan Rima – zemljište kupljeno od strane Jezuita 1866. godine, a među knjigama našao je spas i misteriozni Vojnićev rukopis.
1912. Collegio Romano diskretno je prodao nekoliko knjiga, očito u nestašici novca. Vilfrid Vojnić kupio je 30-ak rukopisa, među njima i rukopis koji će nositi njegovo ime. Nakon Vilfredo smrti 1930. njegova udovica Ethel Lilian Vojnić – poznata autorica i kćer poznatog matematičara Georgea Bula, nasljeđuje rukopis.
1960. umire i Ethel, a rukopis dobiva njena prijateljica Ana Nil koja ga već iduće godine prodaje prodavaču antiknih knjiga Hansu P. Kraus. Pošto Kraus nije uspio naći kupca, 1969. donira rukopis Sveučilištu Yale.