Mnoga imena su spominjana kao potencijalni autori rukopisa. Ipak do danas ni taj dio misterije nije otkriven. Postoje samo teorije o autoru koje još uvijek nemaju kvalitetnih dokaza kako bi se potvrdile ili barem istaknule. Među potencijalnim autorima se spominju:

Rožer Bacon – Johannes Marcus šalje rukopis Kircheru 1666. iu pismu piše kako je, prema njegovom pokojnom prijatelju Raphaelu Mnishovskyom, rukopis kupljen od strane Rudolfa II – cara svetog rimskog carstva (između 1552-1612) za 600 dukata. Prema caru Rudolfu II autor rukopisa bio je franjevac i znanstvenik – Roger Bacon (1214-1294). Unatoč činjenici da Marcus u pismu iznosi kako se ne slaže s tim tvrdnjama, sam Vojnić će nekoliko stoljeća kasnije intenzivno raditi na potvrdi te teorije. Povjesničari i dobri poznavatelji Bejkonovog rada i opusa ne slažu se s tom teorijom i tvrde kako ona nije moguća.

Edward Kelly – Teorija o Kellyju usko je vezana uz teoriju o Bejkonu. Naime u obje situacije spominje se John Di – matematičar i astrolog kraljice Elizabete I koji je dobro poznavao i Bacona i Kellyja.
Edward Kelly je bio misteriozan i samouki alkemičar. Tvrdio je kako posjeduje znanje kojim može pretvoriti bakar u zlato. Svoje mogućnosti pripisvao je tajnom prahu kojeg je navodno sam iskopao iz biskupskog groba negdje u Walesu.
Kelly je, također, tvrdio kako je u nekoliko navrata razgovarao s anđelima i pritom naučio njihov jezik – Enokijski. Legenda, također, kaže da je bio u obilasku samog Rajskog vrta i nakon povratka je napisao knjigu o onome što je tamo vidio. Mnogi obožavatelji paranormalnog utvrdit kako je upravo on autor rukopisa, a sam rukopis je stoga pisan anđeoskim jezikom i abecedom.
Ipak mnogi povjesničari dobro poznaju rad starog lukavca Edwarda Kellyja – naime tih godina on je već dobivao velike novčane iznose iz kraljevske blagajne za svoje alkemičarske eksperimente. Da bi osigurao stalni priljev novca morao je tu i tamo ubaciti i pokoju priču o nadnaravnim silama koje komuniciraju s njim.

Sam Vilfrid Vojnić – Teoretičari koji vole pripisivati ​​misterije različitih zavjerama iznijeli su ideju da je možda sam Vojnić napisao rukopis i stvorio ‘misterioznu’ knjigu koja bi tako dobila na vrijednosti.
Ova teorija je ipak jako teško opravdana zbog činjenice da Vojnić nikada nije ni pokušao prodati rukopis, isto kao ni njegova supruga Ethel.
Svi ozbiljniji istraživači rukopisa ovu teoriju odbacuju kao nevažeću.

Prescott Kurier – kriptograf američke mornarice prvi je iznio teoriju o više autora. Prema njemu uočljive su razlike u rukopisu što bi značilo da je rukopis djelo dva ili više autora.
Prema najnovijim istraživanjima ova teorija je donekle odbačena – mnogi stručnjaci za rukopis pregledavanjem cijele knjige slažu se da ju je napisala jedna osoba.
Prema nekim teorijama Vojnićev rukopis zapravo je mitska ‘zla’ demonska knjiga Necronomicon o kojoj je često pisao znameniti horor pisac H.P.Lovekraft. Unatoč tome što se Necronomicon spominje samo u fiktivnim djelima kao što su ‘The Call of Cthulhu’ mnogi poklonici Lovekrafta vjeruju da je Necronomicon stvarna knjiga na temelju koje je Lovekraft zasnovao većinu svojih priča.
Necronomicon je tako postala kultna knjiga za koju se vjeruje da onaj koji ju pročita trajno izgubi razum, ponajprije zbog sadržaja i univerzalnih otkrića koje ljudski um nemože obraditi.