Još jedna misterija vezana za Shakespearea objelodanjena je kao rezultat arhivskih istraživanja dvojice povjesničara, Grema Phillipsa i Martina Kitman. Po tim istraživanjima, William Shakespeare je bio agent tajne policije Kraljice Elizabete Prve.Njegov zadatak bio je da izvještava o raspoloženjima katolika i stranaca koji su boravili u Engleskoj i neprekidno stvarali mreže zavjera protiv kraljice-protestantkinja. Shakespeare je, navodno, bio u sastavu grupe koju je formirao šef obavještajne službe kraljice Elizabete, ser Frensis Vilsinghejm. Grupa se sastojala od dramatičara, pisaca i glumaca. Agenti su prisluškivali razgovore stranaca po pubovima, ali su crpili podatke i iz beseda aristrokata koji su vodili boemski život. U sastavu te mreže nalazili su se i poznati dramatičar Christopher Marlo i mecena Shakespearea lord Stendž i drugi ‘javni predstavnici kulture’.
Viljem Hol – takav je pseudonim imao Shakespeare u dokumentima tajne policije nije igrao samo ulogu informatora. Koristeći svoj ugled u Europi, on je, ne izazivajući sumnju, putovao u razne zemlje i dostavljao tajne poruke kraljici Elizabeti. Najčešće su to bila putovanja u Nizozemsku i Dansku. Na jednom takvom ‘službenom’ putvanja Šekspir je posjetio Prag i predao dvorskom alhemicari Kelmi tajnu poruku od državnog tajnika Velike Britanije.
Za takva Shakespeareova putovanja izdvajano je po 25 funti, što je bilo sasvim dovoljno ne samo za ugodno putovanje, već i za podmićivanje činovnika dotične zemlje. Tajne usluge koje je obavljao, donosile su Shakespeareu velike honorare. Po mišljenju istraživača, u piščevim ambarima u Stratfordu odvijale su se burne komercijalne transakcije. Na svojim putovanjima Agent Shakespeare sjećao se ne samo državnih stvari, već i vlastite koristi. Ipak, trgovinske operacije u Stratfordu Šekspir je navodno obavljao preko posrednika – jer otkud bi pjesnik i lutalica mogao imati toliki novac?
Ova Shakespeareova uloga u tajnoj policiji možda je i ključna stvar koja baca svjetlo na pravog autora ‘Shakespeareovih djela’ i još više produbljuje misteriju vezanu za njega, jer ako je Shakespeare imao tako opsežno djelatnost u tajnoj službi, može se zaključiti da je on imao vremena napisati samo nekoliko soneta i eventualno jedan kazališni komad, a ne i sva ona remek djela koja mu se pripisuju!